chr {covidmx}

Case Hospitalization Rate (CHR)

Description

chr Calcula la proporción de enfermos que resultan hospitalizados sobre todos los enfermos confirmados en distintas categorías (residencia / edad / etc)

Usage

chr(
  datos_covid,
  entidades = c("AGUASCALIENTES", "BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR", "CAMPECHE",
    "CHIAPAS", "CHIHUAHUA", "CIUDAD DE MÉXICO", "COAHUILA DE ZARAGOZA", "COLIMA",
    "DURANGO", "GUANAJUATO", "GUERRERO", "HIDALGO", "JALISCO", "MÉXICO",
    "MICHOACÁN DE OCAMPO", "MORELOS", "NAYARIT", "NUEVO LEÓN", "OAXACA", "PUEBLA",
    "QUERÉTARO", "QUINTANA ROO", "SAN LUIS POTOSÍ", "SINALOA", "SONORA", "TABASCO",
    "TAMAULIPAS", "TLAXCALA", "VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE", "YUCATÁN", "ZACATECAS"),
  group_by_entidad = TRUE,
  entidad_tipo = c("Unidad Medica", "Residencia", "Nacimiento"),
  fecha_tipo = c("Sintomas", "Ingreso", "Defuncion"),
  tipo_clasificacion = c("Confirmados COVID"),
  group_by_tipo_clasificacion = FALSE,
  incluir_paciente_no_especificado = FALSE,
  tipo_sector = c("CRUZ ROJA", "DIF", "ESTATAL", "IMSS", "IMSS-BIENESTAR", "ISSSTE",
    "MUNICIPAL", "PEMEX", "PRIVADA", "SEDENA", "SEMAR", "SSA", "UNIVERSITARIO",
    "NO ESPECIFICADO"),
  group_by_tipo_sector = FALSE,
  defunciones = FALSE,
  edad_cut = NULL,
  fill_NA = TRUE,
  list_name = "case hospitalization rate",
  .grouping_vars = c()
)

Arguments

datos_covid

(obligatorio) Lista de tibbles o duckdbs resultante de descarga_datos_abiertos() o read_datos_abiertos()

entidades

(opcional) Vector con las entidades de las unidades medicas a analizar. Opciones: AGUASCALIENTES, ⁠BAJA CALIFORNIA⁠, ⁠BAJA CALIFORNIA SUR⁠, CAMPECHE, CHIAPAS, CHIHUAHUA, ⁠CIUDAD DE MEXICO⁠, ⁠COAHUILA DE ZARAGOZA⁠ , COLIMA, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, ⁠MICHOACAN DE OCAMPO⁠, MORELOS,NAYARIT ⁠NUEVO LEON⁠, OAXACA ,PUEBLA, QUERETARO,⁠QUINTANA ROO⁠, ⁠SAN LUIS POTOSI⁠, SINALOA, SONORA, TABASCO, TAMAULIPAS,TLAXCALA, ⁠VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE⁠, YUCATAN, ZACATECAS.

group_by_entidad

(opcional) TRUE obtiene los casos para cada entidad reportando en cada fecha la entidad y los casos en dicha entidad. FALSE junta las entidades sumando sus casos en una sola observacion por cada fecha.

entidad_tipo

(opcional) Indica a que se refiere las entidades seleccionadas. Elige una de las opciones: ⁠Unidad Medica⁠ (entidad de la unidad medica), Nacimiento (entidad de origen del individuo) o Residencia (entidad donde reside el individuo).

fecha_tipo

(opcional) Selecciona si la fecha que se utiliza es la fecha de Ingreso (si aplica), la fecha de Sintomas o la de Defuncion (si aplica). El default es fecha de Sintomas.

tipo_clasificacion

(opcional) Vector con el tipo de clasificaciones (por la prueba) a incluir:Sospechosos,⁠Confirmados COVID⁠, ⁠Negativo a COVID⁠, ⁠Inv\u00e1lido⁠, ⁠No realizado⁠

group_by_tipo_clasificacion

(opcional) Booleana determinando si regresa la base con cada entrada agrupada por tipo_clasificacion (es decir cada fecha se generan tantos observaciones como grupos de tipo de clasificación) en caso TRUE. Si FALSE suma todos los casos del tipo de clasificacion por fecha dando un solo numero por fecha. El defalt es FALSE.

incluir_paciente_no_especificado

(opcional) Si en el denominador se incluyen los pacientescuyo tipo es ⁠NO ESPECIFICADO⁠. Por default es FALSE por lo que sólo se incluyen AMBULATORIO, HOSPITALIZADO.

tipo_sector

(opcional) Vector con los sectores del sistema de salud a incluir: ⁠CRUZ ROJA⁠,DIF,ESTATAL,IMSS,IMSS-BIENESTAR,ISSSTE, MUNICIPAL,PEMEX, PRIVADA,SEDENA,SEMAR,SSA, UNIVERSITARIO,⁠NO ESPECIFICADO⁠. Por default se incluyen todos.

group_by_tipo_sector

(opcional) Booleana determina en el caso de TRUE si regresa la base con cada entrada agrupada por tipo_sector (es decir cada fecha tiene una entrada con los del IMSS, una entrada distinta con los de ISSSTE, etc) o bien en caso de FALSE se devuelve una sola entrada por fecha con la suma IMSS + ISSSTE + etc segun los sectores seleccionados. El default es FALSE.

defunciones

(opcional) Booleana si incluir sólo defunciones TRUE o a todos FALSE. El default es FALSE.

edad_cut

(opcional) Vector con secuencia de edades para hacer grupos. Por ejemplo edad_cut = c(0, 10, Inf) arma dos grupos de edad de 0 a 10 y de 10 a infinito o bien edad_cut = c(15, 20) deja sólo los registros entre 15 y 20 años. Por default es NULL y no arma grupos etarios.

fill_NA

(opcional) Regresa observaciones para todas las combinaciones de variables incluyendo como NA donde no se observaron casos en el denominador. En caso contrario no se incluyen las filas donde no se observaron casos.

list_name

(opcional) Asigna un nombre en la lista de datos a la base generada

.grouping_vars

(opcional) Vector de variables adicionales de agrupacion de los conteos. Por ejemplo si se agrega .grouping_vars = 'DIABETES' entonces para cada fecha habra dos conteos de casos uno de los que tienen diabetes y uno de los que no.

Details

El case hospitalization rate se define como

\frac{\# Hospitalizados}{Total de enfermos}

Si se utiliza la opción incluir_paciente_no_especificado se puede cambiar la definicion de Total de enfermos para incluir a los pacientes que dicen ⁠NO ESPECIFICADO⁠. Estos por default se excluyen justo por su naturaleza desconocida.

Value

Une a la lista de datos_covid una nueva entrada de nombre list_name (default: ⁠case hospitalization rate⁠) con una base de datos (tibble o duckdb) con los resultados agregados.

• ⁠case hospitalization rate⁠ - Base de datos generara con los datos agregados (el nombre cambia si se usa list_name).

• dict - Diccionario de datos

• dats - Datos originales (conexion a duckdb o tibble)

• disconnect - Función para desconectarte de duckdb

• ... - Cualquier otro elemento que ya existiera en datos_covid

See Also

descarga_datos_abiertos() numero_pruebas() cfr() estima_rt() positividad() casos()

Examples

# Para el ejemplo usaremos los datos precargados (datosabiertos) pero tu puedes
# correr el ejemplo descargando informacion mas reciente.
datos_covid <- datosabiertos

# Casos a nivel nacional
datos_covid <- datos_covid |> chr()
head(datos_covid$`case hospitalization rate`)

# Nacional

datos_covid <- datos_covid |> chr(list_name = "chr_nacional", group_by_entidad = FALSE)
head(datos_covid$`chr_nacional`)

# CHR en IMSS e ISSSTE
datos_covid <- datos_covid |>
  chr(tipo_sector = c("IMSS", "ISSSTE"), list_name = "chimss", group_by_tipo_sector = TRUE)
head(datos_covid$`chimss`)

# Calcula el CHR sobre toda la base
datos_covid <- datos_covid |>
  chr(
    tipo_clasificacion = c(
      "Sospechosos", "Confirmados COVID",
      "Negativo a COVID", "Inv\u00e1lido", "No realizado"
    ),
    group_by_tipo_clasificacion = TRUE, list_name = "chr_todos"
  )
head(datos_covid$`chr_todos`)

# Distinguiendo sólo entre defunciones
datos_covid <- datos_covid |>
  chr(defunciones = TRUE, list_name = "chr_defun")
head(datos_covid$`chr_defun`)

# Si deseas agrupar por una variable que no este en las opciones
datos_covid <- datos_covid |>
  chr(.grouping_vars = c("DIABETES"), list_name = "chr_diab")
head(datos_covid$chr_diab)

# Finalmente desconectamos
datos_covid$disconnect()