R: Casos de COVID-19 en Mexico

casos {covidmx}

R Documentation

Casos de COVID-19 en Mexico

Description

casos Calcula el numero de casos registrados por fecha agrupando (o sin hacerlo) por diferentes covariables. Por default calcula el total de casos (con y sin prueba positiva)

Usage

casos(
  datos_covid,
  entidades = c("AGUASCALIENTES", "BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR", "CAMPECHE",
    "CHIAPAS", "CHIHUAHUA", "CIUDAD DE MÉXICO", "COAHUILA DE ZARAGOZA", "COLIMA",
    "DURANGO", "GUANAJUATO", "GUERRERO", "HIDALGO", "JALISCO", "MÉXICO",
    "MICHOACÁN DE OCAMPO", "MORELOS", "NAYARIT", "NUEVO LEÓN", "OAXACA", "PUEBLA",
    "QUERÉTARO", "QUINTANA ROO", "SAN LUIS POTOSÍ", "SINALOA", "SONORA", "TABASCO",
    "TAMAULIPAS", "TLAXCALA", "VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE", "YUCATÁN", "ZACATECAS"),
  group_by_entidad = TRUE,
  entidad_tipo = c("Unidad Medica", "Residencia", "Nacimiento"),
  fecha_tipo = c("Sintomas", "Ingreso", "Defuncion"),
  tipo_clasificacion = c("Sospechosos", "Confirmados COVID", "Negativo a COVID",
    "Inválido", "No realizado"),
  group_by_tipo_clasificacion = FALSE,
  tipo_paciente = c("AMBULATORIO", "HOSPITALIZADO", "NO ESPECIFICADO"),
  group_by_tipo_paciente = FALSE,
  tipo_uci = c("SI", "NO", "NO APLICA", "SE IGNORA", "NO ESPECIFICADO"),
  group_by_tipo_uci = FALSE,
  tipo_sector = c("CRUZ ROJA", "DIF", "ESTATAL", "IMSS", "IMSS-BIENESTAR", "ISSSTE",
    "MUNICIPAL", "PEMEX", "PRIVADA", "SEDENA", "SEMAR", "SSA", "UNIVERSITARIO",
    "NO ESPECIFICADO"),
  group_by_tipo_sector = FALSE,
  defunciones = FALSE,
  edad_cut = NULL,
  as_tibble = TRUE,
  fill_zeros = as_tibble,
  list_name = "casos",
  .grouping_vars = c()
)

Arguments

`datos_covid`	(obligatorio) Lista de `tibble`s o `duckdb`s resultante de `descarga_datos_abiertos()` o `read_datos_abiertos()`
`entidades`	(opcional) Vector con las entidades de las unidades medicas a analizar. Opciones: `AGUASCALIENTES`, `⁠BAJA CALIFORNIA⁠`, `⁠BAJA CALIFORNIA SUR⁠`, `CAMPECHE`, `CHIAPAS`, `CHIHUAHUA`, `⁠CIUDAD DE MEXICO⁠`, `⁠COAHUILA DE ZARAGOZA⁠` , `COLIMA`, `DURANGO`, `GUANAJUATO`, `GUERRERO`, `HIDALGO`, `JALISCO`, `MEXICO`, `⁠MICHOACAN DE OCAMPO⁠`, `MORELOS`,`NAYARIT` `⁠NUEVO LEON⁠`, `OAXACA` ,`PUEBLA`, `QUERETARO`,`⁠QUINTANA ROO⁠`, `⁠SAN LUIS POTOSI⁠`, `SINALOA`, `SONORA`, `TABASCO`, `TAMAULIPAS`,`TLAXCALA`, `⁠VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE⁠`, `YUCATAN`, `ZACATECAS`.
`group_by_entidad`	(opcional) `TRUE` obtiene los casos para cada entidad reportando en cada fecha la entidad y los casos en dicha entidad. `FALSE` junta las `entidades` sumando sus casos en una sola observacion por cada fecha.
`entidad_tipo`	(opcional) Indica a que se refiere las `entidades` seleccionadas. Elige una de las opciones: `⁠Unidad Medica⁠` (entidad de la unidad medica), `Nacimiento` (entidad de origen del individuo) o `Residencia` (entidad donde reside el individuo).
`fecha_tipo`	(opcional) Selecciona si la fecha que se utiliza es la fecha de `Ingreso` (si aplica), la fecha de `Sintomas` o la de `Defuncion` (si aplica). El default es fecha de `Sintomas`.
`tipo_clasificacion`	(opcional) Vector con el tipo de clasificaciones (por la prueba) a incluir:`Sospechosos`,`⁠Confirmados COVID⁠`, `⁠Negativo a COVID⁠`, `⁠Inv\u00e1lido⁠`, `⁠No realizado⁠`
`group_by_tipo_clasificacion`	(opcional) Booleana determinando si regresa la base con cada entrada agrupada por `tipo_clasificacion` (es decir cada fecha se generan tantos observaciones como grupos de tipo de clasificación) en caso `TRUE`. Si `FALSE` suma todos los casos del tipo de clasificacion por fecha dando un solo numero por fecha. El defalt es `FALSE`.
`tipo_paciente`	(opcional) Vector con el tipo de pacientes a incluir. Opciones: `AMBULATORIO`, `HOSPITALIZADO`, `⁠NO ESPECIFICADO⁠`. Por default se incluyen todos.
`group_by_tipo_paciente`	(opcional) Booleana determinando (caso `TRUE`) si regresa la base con cada entrada agrupada por `tipo_paciente` (es decir cada fecha se genera un renglon para `AMBULATORIO`, un renglon para `HOSPITALIZADO`, etc) o bien si se suman todos los grupos y cada fecha reporta solo la suma de estos (estilo `AMBULATORIO + HOSPITALIZADO` segun las categorias de `tipo_paciente`) El default es `FALSE`.
`tipo_uci`	(opcional) Vector con el tipo de valores para Unidad de Cuidado Intensivo (UCI) a incluir: `SI`,`NO`,`⁠NO APLICA⁠`,`⁠SE IGNORA⁠`,`⁠NO ESPECIFICADO⁠`. Por default se incluyen todos.
`group_by_tipo_uci`	(opcional) Booleana. El caso `TRUE` determina si regresa la base con cada fecha teniendo diferentes renglones uno para cada `tipo_uci` (es decir cada fecha se generan tantos observaciones como grupos de tipo de UCI) o bien en una sola fecha se suman todos los tipos de UCI (`FALSE`). El default es `FALSE`.
`tipo_sector`	(opcional) Vector con los sectores del sistema de salud a incluir: `⁠CRUZ ROJA⁠`,`DIF`,`ESTATAL`,`IMSS`,`IMSS-BIENESTAR`,`ISSSTE`, `MUNICIPAL`,`PEMEX`, `PRIVADA`,`SEDENA`,`SEMAR`,`SSA`, `UNIVERSITARIO`,`⁠NO ESPECIFICADO⁠`. Por default se incluyen todos.
`group_by_tipo_sector`	(opcional) Booleana determina en el caso de `TRUE` si regresa la base con cada entrada agrupada por `tipo_sector` (es decir cada fecha tiene una entrada con los del `IMSS`, una entrada distinta con los de `ISSSTE`, etc) o bien en caso de `FALSE` se devuelve una sola entrada por fecha con la suma `IMSS + ISSSTE + etc` segun los sectores seleccionados. El default es `FALSE`.
`defunciones`	(opcional) Booleana si incluir sólo defunciones `TRUE` o a todos `FALSE`. El default es `FALSE`.
`edad_cut`	(opcional) Vector con secuencia de edades para hacer grupos. Por ejemplo `edad_cut = c(0, 10, Inf)` arma dos grupos de edad de 0 a 10 y de 10 a infinito o bien `edad_cut = c(15, 20)` deja sólo los registros entre 15 y 20 años. Por default es `NULL` y no arma grupos etarios.
`as_tibble`	(opcional) Regresar como `tibble` el resultado. En caso de que `as_tibble` sea `FALSE` se devuelve como conexion en `duckdb`. Se recomienda el default (`tibble`).
`fill_zeros`	(opcional) En caso de que el resultado sea un `tibble` regresa observaciones para todas las combinaciones de variables incluyendo como 0 aquellas fechas cuando no se observaron casos. En caso contrario no se incluyen las filas donde no se observaron casos.
`list_name`	(opcional) Asigna un nombre en la lista de datos a la base generada
`.grouping_vars`	(opcional) Vector de variables adicionales de agrupacion de los conteos. Por ejemplo si se agrega `.grouping_vars = 'DIABETES'` entonces para cada fecha habra dos conteos de casos uno de los que tienen diabetes y uno de los que no.

Details

La función es un grupo de funciones de dplyr optimizadas para velocidad. Por ejemplo calcular los casos por entidad se hace lo siguiente

datos_covid |> casos()

es lo mismo que:

library(dplyr)
datos_covid$casos <- datos_covid$dats |>
    group_by(ENTIDAD_UM, FECHA_SINTOMAS) |>
    tally() |>
    left_join(datos_covid$dict$ENTIDAD_UM, by = c("ENTIDAD_UM" = "CLAVE_ENTIDAD"))

Elaboraciones mas complicadas en casos tienen su equivalente en dplyr por ejemplo:

datos_covid <- datos_covid |>
  casos(
    entidad_tipo = "Residencia",
    entidades = c("BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR"),
    group_by_tipo_clasificacion = FALSE,
    tipo_paciente = c("AMBULATORIO", "HOSPITALIZADO"),
    group_by_tipo_paciente = TRUE,
    list_name = "bajas"
  )

es equivalente a

datos_covid$bajas <- datos_covid$dats |>
   filter(ENTIDAD_RES == "02" | ENTIDAD_RES == "03") |> #BC/BCS
   filter(TIPO_PACIENTE == 1 | TIPO_PACIENTE == 2) |> #Ambulatorio/Hospitalizado
   group_by(FECHA_SINTOMAS, ENTIDAD_RES, TIPO_PACIENTE) |>
   tally() |>
   left_join(datos_covid$dict$ENTIDAD_RES, by = c("ENTIDAD_RES" = "CLAVE_ENTIDAD")) |>
   left_join(datos_covid$dict$PACIENTE, by = c("TIPO_PACIENTE" = "CLAVE"))

Value

Une a la lista de datos_covid una nueva entrada de nombre list_name (default: casos) con una base de datos (tibble o dbConnection) con los resultados agregados.

casos - Base de datos generara con los datos agregados (el nombre cambia si se usa list_name).
dict - Diccionario de datos
dats - Datos originales (conexion a duckdb o tibble)
disconnect - Función para desconectarte de duckdb
... - Cualquier otro elemento que ya existiera en datos_covid

Examples


# Para el ejemplo usaremos los datos precargados (datosabiertos) pero tu puedes
# correr el ejemplo descargando informacion mas reciente:
datos_covid <- datosabiertos

# Casos por entidad
datos_covid <- datos_covid |> casos()
head(datos_covid$casos)

# Defunciones por entidad
datos_covid <- datos_covid |> casos(defunciones = TRUE, list_name = "defunciones")
head(datos_covid$defunciones)

# Hospitalizados por entidad
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(tipo_paciente = "HOSPITALIZADO", list_name = "hospitalizados")
head(datos_covid$hospitalizados)

# UCI por entidad

datos_covid <- datos_covid |> casos(tipo_uci = "SI", list_name = "uci")
head(datos_covid$uci)

# Solo pacientes IMSS
datos_covid <- datos_covid |> casos(tipo_sector = "IMSS", list_name = "imss")
head(datos_covid$imss)

# Pacientes IMSS y PEMEX separados
datos_covid <- datos_covid |> casos(tipo_sector = c("IMSS", "PEMEX"), list_name = "imss_y_pemex")
head(datos_covid$imss_y_pemex)

# Pacientes IMSS y PEMEX sumados
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(
    tipo_sector = c("IMSS", "PEMEX"), list_name = "imss_+_pemex",
    group_by_tipo_sector = TRUE
  )
head(datos_covid$`imss_+_pemex`)

# Solo los de BAJA CALIFORNIA
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(entidades = c("BAJA CALIFORNIA"), list_name = "BC")
head(datos_covid$BC)

# Solo los de BAJA CALIFORNIA por residencia
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(entidades = c("BAJA CALIFORNIA"), entidad_tipo = "Residencia", list_name = "residencia")
head(datos_covid$residencia)

# Agrupando casos por tipo de clasificacion
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(
    entidades = c("BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR"),
    group_by_tipo_clasificacion = TRUE,
    list_name = "BC_BCS"
  )
head(datos_covid$BC_BCS)

# Regresa la suma de los de BC + BCS por tipo de paciente
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(
    entidades = c("BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR"),
    group_by_tipo_clasificacion = FALSE,
    tipo_paciente = c("AMBULATORIO", "HOSPITALIZADO"),
    group_by_tipo_paciente = TRUE,
    list_name = "BC_+_BCS"
  )
head(datos_covid$`BC_+_BCS`)

# Si deseas agrupar por una variable que no este en las opciones
datos_covid <- datos_covid |>
  casos(
    group_by_entidad = FALSE,
    tipo_paciente = c("AMBULATORIO", "HOSPITALIZADO"),
    group_by_tipo_paciente = TRUE,
    list_name = "sexo",
    .grouping_vars = c("SEXO")
  )
head(datos_covid$sexo)

# Si no recuerdas la codificacion de los sexos puedes usar el diccionario:
datos_covid$sexo <- datos_covid$sexo |>
  dplyr::left_join(datos_covid$dict$SEXO, by = c("SEXO" = "CLAVE"))
head(datos_covid$sexo)

# Si no recuerdas todas las variables de la base puedes usar glimpse para ver por
# que otras variables puedes clasificar
datos_covid$dats |> dplyr::glimpse()


# Una vez hayas concluido tu trabajo no olvides desconectar
datos_covid$disconnect()

[Package covidmx version 0.7.7 Index]