Tocher {MultivariateAnalysis}

Agrupamento Tocher

Description

Esta funcao faz o agrupamento pelo metodo Tocher.

Usage

Tocher(Dist,
Metodo="original",
nperm=999,
Plot=1,
xlab="Dissimilaridade",
ylab="Distancia fenetica",
bty="n")

Arguments

Dist

Objeto contendo a matriz de dissimilaridade

Metodo

Um character indicando o algoritimo de agrupamento. Ha duas possibidades: "original" (default) ou "sequential". O ultimo foi proposto por Vasconcelos et al. (2007), tambem chamando de metodo Tocher modificado.

nperm

Numero de permutacoes para identificar a signficancia pelo metodo de Mantel

Plot

Numero indicando qual grafico devera ser plotado:

• "1": Grafico com as distancias intra e intercluster

• "2": Grafico com as dispersao da distancia cofenetica em funcao dos valores de dissimilaridade.

xlab

nome do eixo x do grafico. Deve ser utilizado quando o Plot=2.

ylab

nome do eixo y do grafico. Deve ser utilizado quando o Plot=2.

bty

deve receber un character indicando o tipo de borda desejado no grafico. Deve ser utilizado quando o Plot=2.

• "o": Todas as bordas

• "n": Sem bordas

• "7": Acima e a direita

• "L": Abaixo + esquerda (Default)

• "C": Acima + Direita + Abaixo

• "U": Direita + Abaixo + Direita

Value

A funcao retorna resultados do teste Tocher.

References

PlayList "Curso de Analise Multivariada": https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR

Cruz, C.D.; Ferreira, F.M.; Pessoni, L.A. (2011) Biometria aplicada ao estudo da diversidade genetica. Visconde do Rio Branco: Suprema.

Rao, R.C. (1952) Advanced statistical methods in biometric research. New York: John Wiley & Sons.

Sharma, J.R. (2006) Statistical and biometrical techniques in plant breeding. Delhi: New Age International. Silva, A.R. & Dias, C.T.S. (2013) A cophenetic correlation coefficient for Tocher's method. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, 48:589-596.

Vasconcelos, E.S.; Cruz, C.D.; Bhering, L.L.; Resende Junior, M.F.R. (2007) Alternative methodology for the cluster analysis. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, 42:1421-1428.

Examples

data("Dados.MED")
Dist=Distancia(Dados.MED,Metodo=6)
Tocher(Dist)